當玻璃儀器上粘結了特殊的污垢，用一般的洗滌方法難以除去時，應先分辨出污垢的性質，然后有針對性地進行處理。

對于不溶于水的酸性污垢，如有機酸、酚類沉積物等，可用堿液浸泡后清洗;對于不溶于水的堿性污垢，如金屬氧化物、水垢等，可用鹽酸浸泡后清洗;如果是高錳酸鉀沉積物，可用亞硫酸鈉或草酸溶液清洗;二氧化錳沉積物可用濃鹽酸使其溶解;沾有碘時，可用碘化鉀溶液浸泡;硝酸銀污跡可用硫代硫酸鈉溶液浸泡后清洗;銀鏡(或銅鏡)反應后的銀(或銅)，加入稀硝酸微熱后即可溶解;焦油或樹脂狀污垢，可用苯、酯類等有機溶劑浸溶后再用普通方法清洗。

對于用上述方法都不能洗凈的玻璃儀器，可用稀的氫氟酸浸潤污垢邊緣，污垢就會隨著被蝕掉的玻璃薄層脫落，然后用清水清洗。而玻璃雖然受到腐蝕，但損傷很小，一般不影響繼續使用。