1.番茄中番茄紅素和胡蘿卜中的β-胡蘿卜素是原料中主要的功能成分，高度不飽和結構使其具有氧化敏感性，組織內部的空氣以及在打漿、均質過程中混進的空氣，造成色素的氧化降解。

2.番茄、胡蘿卜的含水量均較高，固形物含量較低，在噴霧過程中需要進行濃縮過程，但濃縮的溫度過高，產品的營養成分損失嚴重。

3.加入包埋劑來包埋主要營養成分，目前包埋劑主要使用麥芽糊精，種類單一，添加量過大影響產品的風味。

4.均質壓力對番茄、胡蘿卜中的營養成分的影響尚末見報道。

5.在噴霧干燥過程中，番茄粉具有熱塑性；因此在所使用的高溫下，易于粘壁，從而使產品在干燥時過熱，從而影響產品的顏色、風味、營養價值、降低產品的產率。

6.由于番茄粉和胡蘿卜粉都具有很強的吸濕性，易粘壁，高水分下產品易粘結成團，微生物和酶的活動增加，非酶褐變反應的速率加快，從而使產品的質量迅速下降。