為避免脫氣機污染，應嚴格過濾并定期更新溶劑，定期潤洗脫氣機溶劑通道，對于走水相的通道這點非常重要。使用有機溶劑充分的潤洗所有通道（使用干凈的溶劑瓶），在使用水和乙腈或甲醇作為流動相時每周充分潤洗脫氣機通道一次。然而在色譜中反復出現鬼峰時，應及時調整潤洗周期，并按下面的步驟進行相應的潤洗。

1、在泵出口安裝背壓管，并調整壓力至200-300bar。
2、用20%的硝酸在常規流速下沖洗1小時（使用新鮮的HPLC級水）。
3、用HPLC級水潤洗通道知道PH測試為中性。
4、再用HPLC級乙腈在常規流速下潤洗2小時。
5、用干凈的溶劑瓶裝上新配置的流動相并與脫氣機連接。
6、安裝新的溶劑過濾器。
7、拆除背壓管并重新按照要求連接系統。
8、平衡系統。