噴霧干燥是將溶液、乳濁液、懸浮液或膏糊狀物料加工成粉狀、顆粒狀物料的一種干燥方法。它是液體通過霧化器的作用,噴灑成霧狀液滴，并依靠干燥介質(熱空氣)與霧滴均勻混合，進行熱交換和質交換，使水分汽化從而脫除物料中的物理結合水和機械結合水的過程，具有產品性質穩定、變性程度低，可連續化、自動化，操作靈活性大等優點。

噴霧干燥過程中的熱處理大大降低了胰蛋白酶抑制劑的活力,從而提高了蛋白質的可消化性。實踐證明使用好噴霧干燥系統有助于更好地提高大豆分離蛋白的功能性,從而改善產品的粘度、密度、顏色、風味。

此外，噴霧干燥后，大豆分離蛋白原來包埋在內部的疏水基團外露，表面疏水性增加，形成大量熱聚集體，溶解性和乳化性下降。隨著蛋白濃度增加，噴霧干燥后大豆分離蛋白中熱聚集體體積分數增大，粒徑增大，溶解性下降，較低的進風溫度可以降低變性程度而有利于保持產品的功能性質。

有學者研究，環糊精作為添加劑輔助蛋白質復性，因此，在降低溫度的同時，可以加入一定量的添加劑，減少大豆蛋白的變性。